En octubre de 1890, Zapotlán el Grande celebraba las Fiestas de Octubre en honor al Señor San José, agradeciendo un año inusualmente lluvioso. El 18 de octubre al mediodía, densas nubes oscurecieron el valle y hacia las 3:00 p.m. comenzó a lloviznar. Pese a ello, los fieles acudieron a la procesión y misa de 5:00 p.m. Al salir, la llovizna se había convertido en una tormenta. Pronto cayó la noche y la falta de alumbrado dejó al pueblo en total oscuridad.
La lluvia continuó ininterrumpida durante la noche y todo el día 19 de octubre, suspendiendo las actividades religiosas. El 20 de octubre, al sumar 42 horas continuas de diluvio —superando la histórica inundación de 1855—, los líderes indígenas buscaron al presbítero Pablo Contreras y al jefe político para sacar las imágenes religiosas en procesión y pedir clemencia. La solicitud fue denegada por el peligro de las calles convertidas en ríos, lo que provocó algunos disturbios en el centro. Las casas de adobe en la periferia comenzaron a colapsar.
La mañana del 21 de octubre pareció dar un tregua, pero pasadas las 10:00 a.m. el aguacero arreció con furia de huracán y vientos cruzados (lo que hoy se deduce fue el paso del ojo de un huracán). El río que atraviesa la ciudad creció más de 2.5 metros arrastrando rocas, árboles y animales. El agua destruyó puentes, se desbordó por calles como San Pedro y generó una represa en el puente de piedra de La Concordia, inundando casas y comercios como el Mesón del Venado. Gracias a la antigua norma de no construir en la ribera del río, se evitaron mayores pérdidas humanas.
Ese mismo día se registró un sismo breve que abrió una enorme grieta en diagonal a través de la ciudad, provocando que el lado poniente se hundiera unos 30 cm respecto al oriente. Este evento marcó el surgimiento visible de la falla tectónica del valle de Zapotlán, originada por la saturación de un suelo históricamente inestable. La gente huyó a la montaña oriente por temor a mayores hundimientos.
Para el 22 de octubre, tras causar inundaciones en toda la región (Tamazula, Sayula, Ameca y Manzanillo) y elevar la laguna más de 1.70 metros, la lluvia finalmente cesó. Los pobladores regresaron a limpiar el lodo y reconstruir. El 23 de octubre, tras un breve recorrido religioso dentro del atrio custodiado por soldados para evitar disturbios, se celebró una misa de acción de gracias por haber sobrevivido al devastador fenómeno.
